| 与大学、科研机构合作 |
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- 联合承担科研项目
- 联合培养研究生
- 联合建立非独立法人研究机构
- 联合举办学术会议
- 各种形式的学术交流
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| 与地方政府、企业合作 |
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- 承担地方政府、企业科技任务：超过20%的经费来自地方和企业。
- 共建研发机构
北京市软件生产和质量保证技术联合实验室（北京科委）
工业管理与设计工程研究中心（雅戈尔集团）
中国科学院宁波软件开发中心（宁波市科委）
江苏中科软件工程技术中心（江苏软件园）
- 互派科技副职
云南省省长助理，廓坊市副市长，南京玄武区副区长，西安科技局副局长，西安高新区副主任等，并接收地方挂职干部多人。
- 部署研究所分支机构
在无锡设立分支机构：中国科学院软件研究所无锡分部
在重庆设立分支机构：中国科学院软件研究所重庆分部
在哈尔滨设立分支机构：中国科学院软件研究所哈尔滨分部
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