与大学、科研机构合作   联合承担科研项目 联合培养研究生 联合建立非独立法人研究机构 联合举办学术会议 各种形式的学术交流 与地方政府、企业合作   承担地方政府、企业科技任务：超过20%的经费来自地方和企业。 共建研发机构 北京市软件生产和质量保证技术联合实验室（北京科委） 工业管理与设计工程研究中心（雅戈尔集团） 中国科学院宁波软件开发中心（宁波市科委） 江苏中科软件工程技术中心（江苏软件园） 互派科技副职 云南省省长助理，廓坊市副市长，南京玄武区副区长，西安科技局副局长，西安高新区副主任等，并接收地方挂职干部多人。 部署研究所分支机构 在无锡设立分支机构：中国科学院软件研究所无锡分部 在重庆设立分支机构：中国科学院软件研究所重庆分部 在哈尔滨设立分支机构：中国科学院软件研究所哈尔滨分部 在广州设立分支机构：中国科学院软件研究所广州分部 在青岛设立分支机构：中国科学院软件研究所青岛分部