在中国科学院知识创新工程三期，软件所以计算机科学、计算机软件、计算机应用技术、信息安全为重点学科领域，进一步凝练学科方向，优化完善学科布局，注重培育新的学科增长点。进一步加强所级调控能力，将软件所主要力量凝聚到能够带动国家软件技术和产业发展的方向上来，形成综合优势，发挥规模效益。学科方向如下：
　  · 计算机科学与软件理论
　  探索适合网络软件的形式化方法和算法理论，建立实时、并发系统的语义模型以及分析和验证方法，为国产基础软件平台技术体系和互联网信息处理奠定坚实的理论基础。
　  · 基础软件技术与系统
　  初步形成低成本、高可信、网络化与自主开放的国产基础软件平台技术体系，为我国软件产业的发展和信息化建设提供关键的软件基础设施。
　  · 信息安全理论、关键技术及应用
　  提供系列创新密码算法、安全协议的形式化描述和证明技术，解决国家信息安全基础设施中的基本理论和技术问题，为国产基础软件平台技术体系提供安全保障。
　  · 互联网信息处理的理论、方法与技术
　  实现人性化的信息交互和处理界面，开发智能搜索引擎，解决互联网信息的高效、精确、友好获取和使用问题。
　  · 综合信息系统技术